腸道細菌和腦部原來大有關係，各地專家紛紛研究如何透過糞便移植治療認知障礙症、抑鬱症，甚至自閉症。

2017年伊朗學者讓阿茲海默症患者服食益生菌十二星期後，發現患者的記憶能力有進步，測驗分數由八點七分上升至十點六分，沒有服食益生菌的患者則稍微轉差。同年意大利學者也在英國《自然》雜誌發表研究，指腸菌平衡可延緩神經系統退化，而細菌療法有潛力成為阿茲海默症的新療法。學者引述近年研究指，一些腸胃賀爾蒙可以調節學習和記憶等神經功能，保護神經元免受破壞、防止加速腦部退化的斑塊產生。

亞洲益菌中心始創人張建誠解釋：「這些賀爾蒙和化學物質會經『腸腦軸』走上大腦發揮功效，雖然糞便移植治療認知障礙症的成效仍然在研究中，可以肯定的是腸菌和大腦功能有關係。而抑鬱症、自閉症更加已有學術研究支持，可透過糞便移植改善。」他解釋，腸與腸菌會生產如多巴胺、血清素等化學物質，而血清素就是對抗抑鬱的要素。

在中文大學的研究中，其中一種對應的疾病便是抑鬱症。中大腸胃健康中心主任胡志遠指出：「腸道菌群製作出的代謝物質會進入血液，部分物質如血清素會經由血液『上腦』，影響我們的情緒。」因此當中大選取捐糞者時，除了考慮身體機能如糖尿病、傳染病外，也不可以是抑鬱症患者。

另外，近年也有研究指自閉症患者擁有的腸菌與一般人的不同，腸菌失衡較常見。美國有研究發現，將益菌移植至自閉症患者的腸道後，患者的腸道健康改善八成，社交技能、睡眠習慣等行為改善約兩成至兩成半。

大腸和大腦

原來哺乳類動物的腸道和腦神經系統，在胚胎發展時起源於同一組織，形成後有一條雙向的通道互相連繫，因此當腸道出問題，控制全身的大腦也會有反應。

腸道神經可影響腦部的達島葉、邊緣系統、前額葉皮質、杏仁核、海馬體和前扣帶皮層，即是負責自我感知、感情處理、道德感、恐懼感、記憶和積極性的部份。

研究人員曾經用老鼠實驗，老鼠吃進病原菌引致腸道發炎後，焦慮行為明顯增加，而使用益生菌後症狀明顯改善。另一研究在老鼠腸道中輸入壞菌，改變老鼠的腸道生態，發現老鼠的大腦改變，行動力減少。